知識產權在一個高新技術企業里非常重要，可以這樣說沒有知識產權，該企業沒法向高新技術領域發展。
高新技術企業認定所指的知識產權須在中國境內授權或審批審定，并在中國法律的有效保護期內。知識產權權屬人應為申請企業。
不具備知識產權的企業不能認定為高新技術企業。
高新技術企業認定中，對企業知識產權情況采用分類評價方式，其中：發明專利（含國防專利）、植物新品種、*農作物品種、國家新藥、國家一級中藥保護品種、集成電路布圖設計專有權等按Ⅰ類評價；實用新型專利、外觀設計專利、軟件著作權等（不含商標）按Ⅱ類評價。
按Ⅱ類評價的知識產權在申請高新技術企業時，僅限使用一次
在申請高新技術企業及高新技術企業資格存續期內，知識產權有多個權屬人時，只能由一個權屬人在申請時使用。
申請認定時專利的有效性以企業申請認定前獲得授權證書或授權通知書并能提供繳費收據為準。
發明、實用新型、外觀設計、集成電路布圖設計專有權可在國家知識產權局網站查詢專利標記和專利號；國防專利須提供國家知識產權局授予的國防專利證書；植物新品種可在農業部植物新品種保護辦公室網站和國家林業局植物新品種保護辦公室網站查詢。
*農作物品種是指農業部國家農作物品種審定委員會審定公告的農作物品種；國家新藥須提供國家食品藥品監督管理局簽發的新藥證書；國家一級中藥保護品種須提供國家食品藥品監督管理局簽發的中藥保護品種證書；軟件著作權可在國家版權局中國版權保護中心網站查詢軟件著作權標記（亦稱版權標記）。
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